Скорее всего, кто-то узнал/взломал пароль от Вашего аккаунта Skype (или Вы использовали свой аккаунт на другом компьютере и не завершили сеанс Скайпа перед тем как уйти). В любом случае, по Вашей описании можно понять, что кто-то ещё кроме Вас имеет доступ к Вашей учётной записи (включая настройки аккаунта, история переписки, список контактов и другие). Поэтому Вы должны немедленно сменить свой пароль и проверить компьютер на наличие вредоносных программ.
К сожалению, если он сам не признается, Вы не можете узнать кто это был и как именно он узнал Ваш пароль. Насколько мне известно, техническая поддержка Skype не разглашает даже IP пользователя который использовался чужим Скайпом.