Скайп не поддерживает плагины, а модзи встроены в программе. Соответственно, чтобы использовать модзи, нужно установить последнюю версию. Поэтому, убедитесь что действительно установлена последняя версия и проверьте если в разделе Инструменты → Настройки → Чаты и SMS → Визуальное оформление включена опция «Показать смайлики». Если это не поможет, укажите точную версию Skype и опишите в чём именно проблема — Вы не можете отправить модзи или не можете их просматривать?