Одна из причин может быть проблема с микрофоном. Переходите в
Инструменты → Настройки → Настройки звука и попробуйте убрать галочку напротив параметра «Разрешить автоматическую настройку микрофона». После этого, используя контрольные звонки в Skype, меняйте громкость микрофона пока не найдёте наилучший вариант.
ps. И ещё, рекомендую взглянуть на странице
Ошибки в Скайпе и их решения: проблемы со звуком.