Если бы Вы указали один емайл для обеих учётных записей Skype, при восстановлении пароля Вы бы получили на этот емайл ссылку которая открывает страницу с возможностью выбрать нужный аккаунт Skype для которого нужно восстановить пароль. Если же у Вас показывает только один аккаунт, значит второй аккаунт был зарегистрирован с помощью другого емайла. Поэтому, на странице
восстановления пароля Вы должны указать другой емайл.