Не до конца понял, что вы подразумевали под понятием “перезапуск”. Скорее всего, удаление устаревшей версии и установка более свежей. Да, вы правы, в таком случае ваш аккаунт (профиль) Skype не мог быть удалён. Т.к. даже если переустановите Winsows, профиль дублируется на сервере корпорации Skype и автоматически будет восстановлен на вашем компьютере (только переписка вся пропадёт, если до этого вы её не сохраните сами).
Вы пишите: “при попытке еще раз войти по логину и паролю - такого не найдено”. Т.е. вы имеете в виду “Пользователь не найден”. Ответ на этот вопрос смотрите здесь:
http://otvet.skaip.su/1336/почему-пишет-что-пользователь-не-найден.